肠道作为“人体的第二大器官”，包含多种约万亿细菌，是我们用来吸食营养、排便的重要器官；也是预防细菌入侵、维护健康的免疫器官。肠道可以说是身体健康“晴雨表”，因此了解肠道菌群就变得尤为重要。
肠道微生物对肠道的保护
l生物屏障
肠道菌群起到了生物屏障作用，肠道内壁是人体与外界环境接触面积最大的区域，肠道菌群在肠道中形成重要的生物屏障，维护肠道生态平衡，抵御外来致病菌的侵害。
l占位保护
肠道菌群与肠粘膜上皮细胞紧密结合，形成膜菌群，阻碍致病菌与肠粘膜的接触，起到占位性保护的作用；
l促进代谢
肠道菌群尤其是共生菌能够竞争营养供给，与宿主共同消耗营养来源，防止不需要的营养物质过度产生；
l维持平衡
肠道菌群还可以产生抑菌物质来抑制有害菌的生长，维持菌群健康平衡。同时，肠道微生物不断刺激胃肠粘膜分泌粘液素，以保持肠道的润滑。
菌群检测主要“检”什么
以北京福玛特菌群检测为例疾病风险
主要营养
微量元素
氨基酸
短链脂肪酸
睡眠压力
抗生素抗性
菌群检测怎么“检”
一、16srRNA基因测序
16SrRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16SrRNA基因测序以细菌16SrRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度系统进化、功能预测以及微生物与环境互作关系等。粪便、动物肠道内容物、皮肤、组织、痰液、血液、唾液、牙菌斑、尿液，阴道分泌物、发酵物，瘤胃，废水，火山灰，冻土层、病害组织、淤泥、土壤、堆肥、污染河流，养殖水体、空气等有微生物存在的样本都可以用于16s测序分析。
二、宏基因组
宏基因组又称源基因组，是通过提取和检测所有环境中的生物DNA，还原DNA病*、细菌、真菌及部分宿主基因组的组成，从而更准确和全面地分析微生物多样性、种群结构和进化关系。另外，通过DNA序列拼接/功能序列对比，还原所检测的样本中微生物基因的组成，能够更加准确地预测样本中所有微生物共同构建的功能网络和互作关系，发展潜在的生物学意义。目前临床上对于宏基因组技术的应用，主要为未知病原体的快读检测，筛选微生物（或靶基因）作为疾病预测、治疗、回复等过程中的生物标志物，以及从基因功能层面进行评估，通过了解各类物质的合成代谢，为疾病治疗提供微生态干预的参考。