人体70%的免疫系统在肠道，且95%以上的感染性疾病直接或间接与此有关；维持体内有益菌群的生存状态对保持消化道的健康、维护正常的免疫系统以及提高抗感染能力是非常重要的。
人体肠道内细菌有很多，并且比较恒定。一般情况下，这些细菌是有益的，它们能抑制某些病原菌如沙门菌、霍乱弧菌等生长，还能帮助合成B族维生素和维生素K，作为人体维生素的一个重要的补充来源。
但是并不是所有的细菌对人体都有益，胃肠道也存在着有害菌，如果有害菌菌群数量剧增，“战胜”了有益菌，会致使肠内黏膜粗糙，血液不流通而呈暗红色。
有害菌群的危害
1、排泄不顺畅，肠内囤积粪便
为帮助排便，粪便的软硬程度要适中，但不健康的肠则因膳食纤维的不足，导致粪便囤积大肠，无法顺利排泄；又或者是因坏菌的繁殖引起细菌感染，而产生腹泻的发生。
2、蠕动过快或太慢
肠不健康，可能会影响肠的蠕动速度过快或太慢，妨碍粪便顺利排出。粪便更会因此变太硬或太稀，最终导致便秘，肠道中过路菌群更因此加速繁殖，如此恶性循环下去。
3、产生有害物质
不健康的肠道是坏菌繁殖的绝佳场所，大量的坏菌会导致阿摩尼亚，硫化水素及粪臭素等有害物质的产生。这些物质不但是恶臭屁的来源，更会加速肠壁的老化，产生导致癌症的物质，成为大肠癌的发病根源。
4、再次地吸收对身体有害的物质
有害物质不会乖乖地待在肠内，它会随着肠的吸收而跟着血液循环全身，引起疲倦、肌肤干燥、头痛、呕吐等身体不适，会发生恶臭的物质更会经由血液，透过嘴巴或身体而散发出来。
5、病原体容易侵入
不健康的肠内，乳酸菌等好菌的量会变少，肠内呈碱性。另外，因坏菌所产生的有害物质使肠壁所具有的免疫功能下降，导致肠内杀菌作用变弱，细菌或病原菌更容易侵入
膳食纤维助力肠道健康
膳食纤维在肠道内吸收水分而充分膨胀，并促进肠壁的有效蠕动，使肠内容物迅速通过肠道而排出体外，客观上起到了通便的作用。膳食纤维在肠道内起了一个清道夫的作用，它可将各种*素吸附、稀释、包裹，并促使其迅速排出体外。
可溶性膳食纤维的容水量大，可为肠内菌群提供理想的增生场所，使肠内细菌在数量上得以增加；但当肠内细菌增生过度时，膳食纤维则能通过促进肠蠕动而加速其排出，由此维持了肠内菌群的动态平衡。此外。膳食纤维也参与维持肠黏膜的完整性。可防止肠内细菌透过肠壁向外移动而致病，从而有效保护人体。