肠道菌群研究亮点解析
未来学家库兹维尔有一个经典的“吓尿指数”理论，大致意思是说，把一个生活在若干年前的人带到我们现在的生活环境，他如果被现在的交通,科技,生活状况吓尿，那么这个若干年，就是我们这个世纪的吓尿指数。很有幸——我们生活在一个技术更新飞速发展的年代，人类在21世纪的进步将是20世纪的倍；也很不幸——作为一个科研工作者，在这飞一般的速度中，想取得属于自己的一点傲娇的成绩实在是太难了！
想要闪耀你的研究，吸引全世界的目光吗？除了大家都在用的技术手段和套路方法，作为“普通的我”能用什么新的突破呢？如何能用老技术老思路玩儿出新花样呢？
——人有多大胆，地有多大产。看齐贺XX！？
——不，我们是有底线的科研工作者。
那怎么办呢？研究的思路有那么多同行都在做，好难设计出有特色的方案啊~
实则不然！
套路也一样能够做出高端大气上档次的研究来。今天就跟大家分享一篇“套路”的肠道微生物研究，只有三个简单的分组设计，照样做出了影响因子7分以上的好文章。这就是今年8月发表在APT上的HCV肝硬化患者的肠道微生物组研究——丙肝药物对肝硬化患者肠道微生物群落的影响。
研究共设置了3个组（健康对照control，疾病组pre-DAA，疾病给药组post-DAA），除了一些生理指标测量，文章的核心内容，只有这三组粪便样本的16s测序的内容。想想看，是不是你的方案设计可能比他的还复杂些呢？
能够赢在套路设计上，这篇研究的亮点也确实值得一提。
首先是样本的选择：这里有两个问题1，选择多少样本；2，选择什么样的样本。
对喽，简单设计能发到7分，一定是大样本量砸出来的！！！特烧钱那种！
Nonono!这个研究中，治疗前后只有12个病人的样本，可谓小样本量研究的典型。可样本量虽小，对样本的要求和样本量的论证却是绝对的高标准严要求：
研究者首先确立了一个最小样本量要求的假设：假设接受DAA治疗后，80%病人肠道菌群中，潜在致病菌的丰度降低；而5%的病人可能观察到增高的现象——基于此，最少需要11对HCV患者（治疗前后）的样本。
之后，研究者们设置了一系列严苛的样本筛选条件，经过组织学，放射科，临床等一系列检验证实为肝硬化的患者，有过量饮酒史的不要，非酒精性脂肪肝的不要，HBV感染的不要，HIV感染的更不会要……糖尿病，肥胖症，其他肠道疾病或肿瘤的统统不要……
好吧，看得出来这真的是一个很“傲娇”的研究项目呢。
最后，还要选择出合适的control——研究者在患者家属中选择健康的成员，匹配了性别和年龄才用作为健康对照组——可以说这是一个很严谨的研究了，很好的屏蔽了遗传背景不同造成的影响。
未完成
这样就ok了么？
图样图森破！患者还必须接受长期连续性的DAA治疗过程，并在完成治疗后接受全程或为期半年一次的随访——整个研究的样本筛选和采集进行了两年！
研究纳入了例HCV感染的肝硬化患者，接受DAA治疗。最终因为各种各样的原因（包括了患者的知情后拒绝~这一点做的还是很值得我们称赞呐），个病人未能纳入此研究中，最终只保留了12个病例样本——这样的筛选过程，可以说堪比后宫选妃的淘汰率了。
而实验本身的分组设计，就显得很简单明了了，三个组：
Control
HCVpre-DAA
HCVpost-DAA
这样精挑细选的样本，更不能少了详实的生理生化指标的采集和分析，来瞅瞅这项研究砸下的理化指标数据：
相比之下，16s测序进行肠道菌群群落结构的研究就显得很套路了：
16srDNA的V3-V4区扩增测序，进行菌群的群落结构分析和差异比较，寻找不同组间的差异物种，进行相关性研究：
比较DAA治疗前后及健康人群的alpha多样性指数（Chao指数），显示健康人群的多样性显著高于疾病人群，治疗后alpha多样性有改善，较治疗前有显著提升（下图A）。
PCA分析显示HCV患者接受治疗前后，肠道菌群的整体情况呈现差异性聚类模式。(下图B)
从菌群结构看，接受治疗前后，HCV的肠道微生物群落发生较大变化，DAA治疗一年后，潜在致病菌（如肠杆菌，肠球菌及葡萄球菌等）的丰度降低，可以看出HCV-Post组样本中肠道菌群组成向健康人群方向发展。但仍存在一定的小差异性(下图)。
结合理化指标状况看，DAA治疗后，炎性细胞因子和趋化因子明显降低，全身性炎症标志物水平得到改善。除1例患者外，其他全部患者的肝硬度，APR和FIB-4评分均有所改善（下图）。但肠道透过性与炎症水平未发生显著变化。
研究做到这里，少不了的要将治疗前后生理指标的变化和肠道的微生物群落，及肠道炎性症状等开展关联，寻找微生物群落与肝纤维化参数之间的相关性。结果显示，Enterobacteriaceae与CXCL10和CCL2存在较高相关性，Staphylococcus与CXCL10/IL1-ra/TNF-ɑ，Veillonellaceae与CXCL10/IFN-ɡ/IL1-ra/TNF-ɑ也分别存在这种细菌与生理指标的相关关系（下图）。
总结一下，技术进步和成本的降低，让很多先进的研究技术从“王谢堂前燕”飞入“寻常百姓家”，这其实是科学研究良性发展的必然。有了更多更好的技术可以应用到我们的研究中时，并不一定需要我们有多少“不走寻常路”的科研设计。传统套路研究的深耕细作，一样可以发挥出无穷的潜力，带给我们更多的惊喜！
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