笔者一直在肠道菌群这个坑里打转，走的越远越迷茫，现在有很多疑问。肠道菌群与人自身基因组的检测最大的不同在于：人自身基因组是固定的，一生内不会发生变化，因此对于一个人来说只要测一次基因组，剩下的问题就是基于参考基因组进行解读，参考基因组也是固定的，全世界的科学家围绕着这个参考基因组进行研究、补充和完善。但是肠道菌群则不同，肠道菌群的宏基因组则随着宿主和外界的状态发生变化，每个人一生中有不同的状态，那么就要检测多次（-这当然这是好事情，对于产业界来说，代表蛋糕更大了），但是问题也产生了，既然每个人一生中不同时间点不同健康状况下肠道菌群组成不同，那么参考基线（评价标准）就不能只是一个了，而是很多个，这样对于群体来说就没有一个可以通用的参考标准，说到这里大家可能迷糊了，那么我们以实际的例子来说吧，今天来进行肠道菌群检测的是一个年轻人，检测本身是一件非常简单的事情，样本收集好之后送到机器上测序，就得到这个年轻人的肠道菌群组成了，接下来就是解读了，这个事情问题来了，解读的时候选择什么作为参考标准？全人群的肯定不行，那只能选择这个年龄段的人群的肠道菌群作为参考基线库，那是否要区分地区？毕竟不同地区的人肠道菌群组成不同，那么不同地区的人的肠道菌群基线肯定也不同，那是否要区分季节？是否要区分性别？
如果还没有清楚我上边描述的事情，那么我们可以举个例子，以身高检测为例，身高测量这个事情很容易，但是评价身高是否正常就是麻烦事情了，肯定要选择相同国家相同年龄段相同性别来做对比，不能拿整个人群做对比。比如6岁男孩测量身高发现是1.1m，那这个身高是正常的吗？如果参考标准选择整个人群，那么该儿童身高肯定是偏低的，选择20岁-30岁的人群的身高作为参考标准，那么该儿童的身高绝对是侏儒，选择5-10岁的美国儿童的身高作为参考基准也不合适，最好的选择是5-10岁同区域的男童身高作为参考基线。
回到肠道菌群也是如此，检测本身简单，解读难，解读难就难在没有合适的参考基线库或者说合适的算法，直接从肠道菌群的组成比例推算出功能和性状。
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