肠道菌群在调控宿主的生长、发育、营养代谢以及免疫稳态方面具有重要的作用。近年来研究发现，肿瘤患者，特别是结直肠癌患者的肠道菌群多呈现失调的状态，而肠道菌群失调能够通过影响肠道代谢、肠道稳态以及肠道免疫等方面促进或者抑制肿瘤的发生发展。
在疾病发生时，菌群的失衡将打乱菌群之间的稳定组成，进而破坏共生菌群与人体表面屏障的稳定性，最终造成共同屏障失效。病原生物体通过被破坏的共同屏障进入人体引发感染，炎症反应将成为邻近区域(胃肠等器官及关联系统)癌症的起始及发展病因之一。
肠道菌群影响非临近区域癌症发生
除此之外，非邻近区域的癌症也受到肠道菌群的影响。在小鼠大肠癌的研究中，大肠若受到幽门螺旋杆菌感染，除了增加大肠的癌变率外，对于乳腺癌、前列腺癌的发生率及化学或病*性肝癌的诱发亦有所增加。
而在人体研究中，研究报告指出具有牙周病疾病史及口腔细菌抗体的患者，其患胰腺癌的风险将增加。追踪研究发现，患者口腔中若存在牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonasgingivalis)及伴放线放线杆菌(Aggregatibacteractinomycetem