TUhjnbcbe - 2022/8/1 18:26:00
之前我们讨论过16S测序的分辨率问题，文章如下：16SrRNA测序的分辨率问题探讨16SrRNA测序与宏基因组测序对样本的覆盖度比较对于肠道菌群16S的科研结果别太较真那么3G的宏基因组测序（10MPEreads），分辨率能到什么水平？因为肠道菌群中有很多种细菌，不同的细菌基因组的基因数不同，为了统计的方便，我们假设每个细菌有个基因，如果有1个靶标基因可以用于物种分类，那么这个基因在最后的数据中应该有条序列，计算方式：10M/=那么条序列适合的分辨率是多少？1-（1-X）^99%X0.通过公式计算出来的概率是0.（0.09%，接近千分之一，1‰），在这个丰度以上的菌检测出的概率在99%以上。那么问题就来了，丰度在1‰以下的菌，会出现什么情况？检测结果不稳定，对同一个样本进行多次检测，这些低丰度的菌会有时出现有时消失，而这是技术不稳定导致的，并不是实验分组的差异，因此在生信分析的时候就不要考虑这些菌了。考虑到实验层面和数据分析层面的因素，1‰的菌也不一定就可以实现稳定的检测到。我们的“测序猫--肠道菌群干预5群“已经到达人，如果您对肠道微生态感兴趣的话，可以加入我们，加入的方法：请扫描下面的