1、环境因素
前苏联时期的爱沙尼亚儿童比瑞典儿童存在更丰富的肠道菌群，这说明环境因素对肠道菌群的数量和种类会产生较大影响。破坏肠道菌群的环境因素还有，污染的大气、污染的水源、房屋装修散发出来的汞和铅等重金属污染，以及甲醛，苯等污染物。这些因素都会导致肠道未老先衰。
2、饮食和生活习惯
不健康的生活方式，吸烟、喝酒，熬夜等。还有暴饮暴食、过多的肉食、过多的酸性食物、过多的快餐方便食品、过多的煎炸油腻食品、过多的冷饮食品等。
3、精神因素
精神压力过大也可破坏肠道菌群平衡。如当宇航员从太空返回地球时,其体内绝大部分有益菌如乳酸菌已大部分损失。如果工作过于紧张繁忙，经常参加酒宴应酬，过重的精神压力而产生焦虑、抑郁等情绪，导致神经内分泌系统功能失调，肠道生理功能紊乱，使肠道内微生态环境失去平衡，进而造成肠道老化。
4、创伤
手术、外伤、感染、肿瘤、化学物品及疾病时对肠道菌群也有影响，特别是危重症患者，有时可丧失整个乳酸菌群。
5、肿瘤治疗
同位素、激素、放射治疗和化疗均可在治疗疾病的同时降低机体免疫力，也破坏了肠道菌群的平衡。
6、抗生素使用
长期大量使用广谱抗生素后,可使大多数敏感菌和正常菌群被抑制或杀死，而耐药菌则由于抗生素的选择作用得以大量繁殖，结果导致菌群失调，出现腹泻或便秘等症状。
7、便秘
对中老年人来说，由于肠道的张力和推动力逐渐减退，牙齿缺损，咀嚼食物咬不烂，加上吃的过于精细，运动量小等原因，致使胃肠道的消化、蠕动功能差，极易引起便秘，粪便在肠道停留时间过长，菌群生态发生改变，有害菌群增殖而影响健康。
提醒：患上肛肠疾病是不可长时间的将该病拖延的，有的肛肠疾病长时间的不治疗是会严重伤害患者身体健康的，长时间的不治疗还容易诱发其他多种肛肠类疾病集于一身的情况出现，这将会严重的伤害患者身体健康和影响患者正常的生活，因此，在生活中若是发现自己有患上某种肛肠类疾病的一些症状的时候，一定要及时的到专业的肠道健康中心进行检查和治疗。
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