我们的胃肠道中存在着一个十分多样而复杂的微生物群落，被称为一个被遗忘的代谢“器官”。据估计，在我们的整个胃肠道中有超过万亿个微生物，其数量比人类自身细胞的数量还要多。
健康的肠道菌群按照一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，表现为物种多样性高和有益微生物占优势。当肠道菌群平衡被破坏，数量和质量的变化导致致病性和有害的微生物在肠道内的异常增加或定植时，这就是肠道菌群失调。
现在，越来越多的研究将肠道菌群失衡与疾病联系在一起，甚至是肠道以外的疾病，包括神经精神疾病和皮肤疾病等。炎症似乎是将这些疾病与肠道菌群失调联系在一起的纽带。一旦肠道菌群失调发生，有害的肠道微生物就开始作用于肠道，导致肠道局部炎症。这可能破坏肠道屏障的保护作用，导致肠道通透性增加，肠道中的一些未完全消化的食物残渣、细菌和*素等本不该进入血液的物质会穿过肠壁进入血液循环，触发全身性炎症反应。
肠道细菌与我们互惠共生，是我们形影不离的小伙伴。那么，好好的肠道菌群怎么就失衡了？形影不离的小伙伴怎么就突然变坏了，成了导致疾病发生的罪魁祸首呢？虽然肠道和肠道菌群的健康在一定程度上已经由母亲的饮食、出生方式以及我们最初的饮食决定，但是实际上我们自己在引发自己的肠道菌群失调状态中有着不可推卸的责任，我们的饮食和生活方式选择在肠道菌群失调的发生在发挥着巨大的作用。压力、药物、饮食和生活环境也都有影响。
低胃酸和肠道菌群失调
低胃酸会表现为多种消化问题，包括食物无法消化而发酵引起的腹胀以及营养物质吸收不良，因为食物的有效消化和吸收需要酸性环境。
胃酸低可能由于使用特殊的药物而导致，例如，抗酸剂显然是减少胃酸的罪魁祸首之一。但是，压力、年龄、富含精制碳水化合物的饮食、蛋白质含量低的饮食、激素变化和某些手术等也可能导致低胃酸。
低胃酸是造成肠道菌群失调的一个常见原因。随着胃酸的减少，肠道pH值升高，这会为细菌创造一个非常不同的生存环境，这可能会导致某些原本不适宜生长的致病性细菌大量繁殖，而那些作为免疫防御的一部分的有益细菌却不能正常工作。
压力与肠道菌群失调
长期压力会增加我们的应激激素水平，这也会破坏我们的免疫力，让我们更容易受到肠道菌群失调的影响。研究发现，暴露在压力下会导致某些类型的细菌过度生长，同时减少肠道细菌的多样性。
一项研究发现，在压力下，最显著的变化是乳酸杆菌的水平降低和循环中的犬尿氨酸水平的增加，而高水平的犬尿氨酸与抑郁相关，恢复肠道乳酸杆菌的水平可以改善情绪。乳酸杆菌在控制犬尿氨酸水平方面发挥着重要作用，如果乳酸杆菌的数量过少，那么犬尿氨酸的含量就会上升，这就意味着抑郁症的可能性更大。（延伸阅读：肠道中缺少乳酸菌可导致抑郁，喝点酸奶试试？）
我们知道，心理压力可以通过减少消化酶的产生、改变食物通过消化系统的方式、减缓消化过程，导致食物腐败和发酵发生，从而对胃肠道产生影响。此外，压力还会导致阻止病原体粘附到肠壁的物质减少。在压力情况下，我们也会产生较少的分泌型IgA，这是我们免疫防御的一部分，用来抵御入侵肠道的病原体在肠道内定植。分泌型IgA在保护胃肠道免受有害细菌侵袭和降低其水平方面都发挥重要作用。
药物和肠道菌群失调
抗生素、避孕药、止痛药、非甾体类消炎药和类固醇激素等药物的使用会使人们特别容易患上肠道菌群失调。它们会对肠壁造成损伤，进而导致更多的炎症、刺激和疼痛。结果是，我们可能服用更多的药物，从而导致进一步的损伤，形成恶性循环。
可的松和强的松是两种常见的类固醇激素类药物，众所周知，这些类固醇激素对身体有非常强大的抗炎作用，因此，它们往往被一些慢性病患者和自身免疫性疾病长期使用。然而，这也有不好的一面。长期使用类固醇激素会抑制肠道免疫系统，这意味着当病原体进入人体时，它无法反击。此外，对于真菌感染患者，它们还可能为真菌的滋生提供了养料。
许多人也依赖非甾体类消炎药（比如阿司匹林、布洛芬等）来缓解疼痛。这些药物会抑制肠道中健康细菌的生长。研究表明，长期接触非甾体类消炎药会产生一种与炎症相关的肠漏状态，进一步加剧全身性炎症，形成恶性循环。这些药物所造成的副作用甚至比我们最初想要减轻的症状更严重。
最常见的导致肠道菌群失调的处方药是抗生素。抗生素通常会不加选择地杀死大量细菌，包括肠道中的有益细菌。这也是为什么在服用抗生素后通常会出现肠蠕动异常（尤其是腹泻）的原因。另外，抗生素通常被滥用，抗生素对急性细菌性感染很有效，但是却经常被用于病*性疾病。具有讽刺意味的是，抗生素的过度使用会增加未来对抗生素的需求，因为抗生素引起的肠道菌群失调会抑制免疫系统，增加进一步的细菌感染风险。
一些以提升激素水平的形式出现的激素类药物，包括避孕药、更年期药物等，都会引发肠道菌群失调。反过来，这可能导致致病菌的入侵或真菌或酵母菌过度生长。许多服用激素药物（比如避孕药）的人会注意到在服药一段时间后开始出现细菌或酵母过度生长相关的症状，比如白色念珠菌。
环境与肠道菌群失调
生活在潮湿、多雾的气候中，家中存在霉菌或真菌，以及接触有*化学物质和重金属，都可能增加肠道菌群失调的可能性。
最近的许多研究强调了肠道菌群失调和帕金森病之间的可能联系，而暴露于高浓度杀虫剂的人似乎更容易患帕金森症。这表明帕金森病患者接触化学物质与他们肠道菌群的变化之间可能存在联系。此外，农业生产中农药和抗生素的过度使用以及由此导致的人类水源的污染，都被认为是导致人类更大的肠道菌群失调发生率的原因。
饮食习惯与肠道菌群失调
虽然母亲的菌群、我们的出生方式和喂养方式会在一定程度上影响我们的肠道菌群，而且这些是我们自己无法选择的，但是我们生活中的一些选择仍然可以决定我们肠道菌群的整体健康，其中，我们的饮食选择是最重要的。
例如，可溶性膳食纤维含量极低的饮食可能会导致肠道有益细菌的缺乏，包括双歧杆菌和乳酸杆菌。在肠易激综合症和食物不耐受患者的肠道中，这些细菌的含量通常很低。富含加工食品的饮食，特别是加工过的蛋白质和食品添加剂，已被证明会通过肠道发酵产生潜在的有*产物。
在日常生活中，我们很多人自认为做出了更好更健康的饮食选择，然而，对于更健康的肠道菌群来说，未必是这样：
很多人有这样一种信念，认为低脂肪对我们的健康和长期幸福更有益。事实上，一旦把天然含有脂肪的食物中的脂肪除去，为了使食物美味，糖的含量往往会增加。所以很多人为了追求低脂肪，最终可能会摄入更多的糖。其实，有一些脂肪是能够促进肠道细菌多样性和减少炎症的，比如存在于野生的富含脂肪的鱼类、种子和某些坚果中的omega-3脂肪。我们绝大多数人摄入的omega-3脂肪太少了。
有的人可能会过分