新生仔猪腹泻是近年来造成养猪业严重经济损失的主要疾病之一，该病发病率、死亡率高，除造成仔猪日增重降低，严重的病例引起死亡外，还会破坏仔猪肠道正常菌群的定植，影响肠道微环境，进而造成持续性损伤，致使仔猪生长发育受阻，严重影响猪场经济效益。
该病病因尚未明了。传统的肠道致病病原像梭状芽孢杆菌、隐孢子虫、溶血性大肠杆菌等并不能单独诱发该病，PEDV、TGEV等冠状病*和轮状病*似乎也和该病无关。从目前的有关报道和数据来看，新生仔猪腹泻更有可能是由多种病原和复合因素引发的疾病，所以现在越来越多的研究开始倾向于从肠道微生物的组成和菌群数量变化中寻找答案。
1方法及结果
该研究通过高通量实时荧光定量芯片技术（使用24对针对肠道细菌16s和23sRNA的引物）对肠道细菌核酸进行扩增、测序和半定量分析，比较发病仔猪与健康仔猪肠道菌群间的差异，并通过建立logistic回归统计模型，对新生仔猪腹泻与肠道细菌种类、母猪的胎次、仔猪日龄和肠道部位等因素之间的相关性进行了分析。现将相关研究发现整理如下：
1）肠球菌属
腹泻仔猪肠球菌属的数量较健康仔猪增加了24倍左右。并且logistic回归分析显示，肠球菌属数量与仔猪腹泻状态呈现正相关性，说明肠球菌数量的增加会加大仔猪发生腹泻的几率。此外，目前已有多项研究证实，肠球菌属中，尤其是坚忍肠球菌（Enterococcusdurans）在肠道定植后能够为其他致病病原（尤其是大肠杆菌）创造有利的增殖环境，促进其增殖进而导致仔猪腹泻。目前，已有多篇报道证实新生仔猪腹泻与坚忍肠球菌和大肠杆菌的共感染有关。
2）大肠杆菌
大肠杆菌与新生仔猪腹泻存在很大关联，随着日龄的增加（1～7日龄），健康仔猪肠道中大肠杆菌数量日趋减少，而腹泻仔猪肠道中大肠杆菌的数量持续增加，并且与健康仔猪肠道中的大肠杆菌数量存在指数级的差异，说明腹泻仔猪肠道丧失了自我修复能力，无法控制和清除肠道内的致病大肠杆菌，从而导致持续性腹泻。
3）致死梭杆菌
相较于健康仔猪，腹泻仔猪肠道内致死梭杆菌（F.mortiferum）数量有一定程度增加，该细菌能够产生抑菌素类似物，对革兰氏阴性菌和阳性菌均有抑制作用。所以，很难定论该细菌的增加是由于其致病作用亦或是肠道菌群的自我调节机制所致。
4）抗生素
研究发现采取抗生素治疗对新生仔猪腹泻的效果并不明显，该研究中，部分腹泻严重的仔猪经抗生素治疗后，肠道菌群的组成和数量并没有明显好转。换句话说，腹泻所带来的负面影响远大于抗生素治疗的效果，并且有报道证实，长期添加抗生素会影响健康仔猪肠道菌群的组成和分布，破坏肠道微环境，在仔猪发生腹泻时加重感染。
5）母猪胎次
研究观察发现初产母猪所生仔猪患新生仔猪腹泻的几率，远大于其他胎次母猪所生仔猪。这一结果与生产实际中所统计的结果一致，虽然目前没有相关的报道说明其原因，但研究发现初产母猪所生仔猪肠道内大肠杆菌和肠杆菌科细菌数量，远大于其他胎次母猪所生仔猪，这有可能是导致初产母猪的仔猪更容易发生腹泻的原因。
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讨论
本研究通过生物学和统计学的方法，评估了新生仔猪腹泻与肠道菌群种类及数量变化的关系。结果显示，肠球菌属（主要为坚忍肠球菌）和大肠杆菌与新生仔猪腹泻存在很大关联，两者共感染可能是新生仔猪腹泻的主要因素之一。有报道称，肠球菌属携带的耐药基因使其对常规抗生素耐受，因此临床治疗仔猪腹泻时，使用抗生素虽然可以抑制致病性大肠杆菌，但是肠球菌仍然会存在。鉴于肠球菌属能够创造利于其他致病菌如大肠杆菌增殖的微环境，致病性大肠杆菌很可能再次增殖，使得腹泻周而复始的出现，这可能是目前很多猪场发生新生仔猪腹泻时抗生素治疗无效，出现周期性反复腹泻的原因之一。
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