呼吸系统感染是儿童最常见的疾病，是儿科门诊就诊和住院病因的首位，包括上呼吸道感染（如普通感冒、急性中耳炎、扁桃体炎、鼻窦炎等）和下呼吸道感染（如支气管炎、肺炎等）。反复呼吸道感染指1年以内发生上、下呼吸道感染频繁，次数超出正常范围。反复的呼吸道感染是困扰家长和医师的常见问题，患儿需要经常就医，经常使用抗生素和住院治疗，甚至需要外科手术（如中耳炎）。反复呼吸道感染不仅影响小儿生长发育，也使家长承受巨大的精神与经济负担。
目前认为，机体免疫功能低下是造成反复呼吸道感染的主要原因，所以多主张采用免疫调节剂进行防治。免疫调节剂泛指调节、增强、兴奋和恢复机体免疫功能的药物，能增强淋巴细胞对抗原的免疫应答能力，提高机体内IgA、IgG水平，从而减少呼吸道感染的次数。目前临床应用的药物包括化学性免疫刺激剂（如匹多莫德、左旋咪唑）、生物制剂（如转移因子、胸腺肽）、细菌提取物（如卡介苗多糖、细菌溶解产物）等，临床疗效不一。随着微生态学的进展，研究发现，益生菌能通过调节机体免疫功能，改善个体健康状况，系统评价表明，益生菌可有效预防呼吸道感染，减少急性呼吸道感染患病次数，减轻感染症状的严重性并缩短病程。
Garaiova等在一项随机、双盲、安慰剂对照临床实验中给予3～6岁幼儿口服益生菌（包括嗜酸乳杆菌、双歧杆菌和乳杆菌）联合维生素C6个月，结果发现，干预组上呼吸道感染发病率和呼吸道症状持续天数均明显减少，因病缺席的概率下降；因病使用抗生素、止痛剂和止咳药、喷鼻剂等也少于安慰剂组。另一项包括名小学生的研究观察了短乳杆菌KB对冬季流感的预防作用，干预组每天口服含有益生菌的饮品8周，与对照组比较，流感发生率明显降低，这种结果在没有接种疫苗的儿童尤为明显。
一项关于乳杆菌、双歧杆菌用于健康儿童和成人急性呼吸道感染疗效的荟萃分析，选取年6月前发表的20篇随机对照研究，Meta分析显示，益生菌干预组可明显缩短急性呼吸道感染的病程、缩短疾病发作时间，及更少的日托、上学和工作缺席时间。另一项针对LGG的荟萃分析纳入4个随机对照试验研究，共涉及名儿童，结果表明，LGG干预可减少中耳炎和上呼吸道感染的发生率，减少感染后抗生素的使用，分层分析提示，1岁以上儿童所有呼吸道的感染均有减少。最新的系统评价纳入了23个研究，涉及从新生儿到18岁的儿童名，分析结果显示，益生菌干预组呼吸道感染发作次数明显降低，呼吸道感染持续时间缩短，日托或缺课数量减少，但是感染发作的病程与对照组没有差别，作者认为，使用益生菌减少呼吸道感染是切实可行的。
国外Nigro等回顾性研究了例3～7岁反复呼吸道感染儿童应用克鲁维酵母菌FMB的疗效，结果显示，与使用细菌提取物比较，益生菌组显著减少需要使用抗生素的感染发作频次，特别的是益生菌组有49.3%的患儿观察期间没有感染发作，即便有感染发作也不超过2次，而对照组超过2次发作的高达51%。国内季伟等进行了一项大样本、多中心、随机对照临床试验，评价酪酸梭菌对6个月至3岁的反复呼吸道感染患儿的预防效果，口服酪酸梭菌或匹多莫德2个月，观察4个月，结果显示，与空白对照组比较，酪酸梭菌或匹多莫德均能够有效减少呼吸道感染的发生次数，缩短发热、咳嗽和喘息的持续时间，降低抗生素的使用率和使用时间，并且酪酸梭菌在一些方面优于匹多莫德，与国外研究结果相近。
临床上使用益生菌防治呼吸道感染已得到了很多临床研究的支持。由于益生菌服用的菌株种类、剂量和疗程都会影响临床应用的效果，同一菌株在不同的年龄阶段产生作用也会有不同，因而益生菌防治反复呼吸道感染仍值得进一步研究。
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