很多抗生素可有效杀灭“坏”的肠道细菌。可在一些关键时期，如更换饲料后或球虫病高发的危险时期，使用抗生素预防疾病。有时候人们会使用抗生素来弥补饲料质量不好、饲养环境差、饲养管理水平低所造成的不利影响。
如果管理水平和饲料质量都非常好，其实是不用使用抗生素的。由于人药上耐药性的问题，用于治疗肠道疾病的抗生素有大环内酯类（泰乐菌素，泰万菌素）、林可酰胺类（林可霉素）、最常用的耐酸青霉素类（苯氧基青霉素）及羟氨苄青霉素。这些抗生素起效迅速，用药后三到四天便可观察到饲料采食量和粪便的变化。
当鸡群发生临床和亚临床型球虫感染时，很多时候是被当成细菌性肠炎进行治疗的。而治疗一旦停止，细菌性肠炎就会复发。这种情况下，您应该在治疗细菌性肠炎的同时进行抗球虫治疗。
还应考虑在随后的生产周期中改变我们的抗球虫策略。