当患者出现肠梗阻时，如果病情稳定，医生首先要做的是找到导致肠梗阻的病因。部分患者是在术后出现肠梗阻，此类肠梗阻分为两种类型，第一种是麻醉性肠梗阻，手术过程中肠道处于“熟睡”状态，手术结束后，部分患者的肠道需要经过很长时间才能苏醒，恢复蠕动功能，有的甚至需要一个月，而正常情况下，肠道恢复工作只需3到5天；第二种是肠粘连导致的肠梗阻，腹腔手术后，瘢痕组织开始生长，而邻近创口处的肠道有时会与瘢痕粘连在一起，粘连后，不断蠕动的肠道就好比拴在房顶上的一条蛇，身体不断地扭曲，最终成功把自己变成了一个蝴蝶结，此时患者会感到恶心、呕吐等症状，但是没有排便和排气，碰到这种情况，首先通过肠道休息、插胃管导出积液的方法来治疗，但是如果梗阻未得到缓解，仍需手术治疗。
另有一些患者从未进行手术，也出现了肠梗阻，还是应该归因于“炎症和肠道纤维化”所致肠腔狭窄，导致肠内容物输送受阻，即发生梗阻。一般来说，医生先通过禁食、留置胃管及使用抑制肠液分泌的药物等非手术治疗的方法控制病情进展。但少数患者突发肠梗阻，病情危急，容易导致肠坏死，需要急诊手术来解除梗阻。不过，急诊手术对IBD患者疗效不是很理想，近年来通过微创方法来给肠道减压或疏通肠道减少手术并发症。