为什么说肠道是人体的第二大脑呢？因为肠道有自己的神经系统，神经细胞分布在整个肠道壁中，而肠道神经元细胞的数量、功能、多样性均和中枢神经系统相似。肠道神经系统可以调节肠道的活动如：蠕动、收缩、分泌、循环、免疫、炎症等功能，并且不受大脑的控制。总之，肠道神经系统像一个独立存在的大脑，可以自行发挥作用。
身体的健康依赖于各个器官和系统之间的协调运作，否则就会变成多头马车，各自为政。肠道的神经系统看似独立运作，不受大脑控制，但实际上，肠道的健康和大脑的功能彼此相互影响、紧密关联。肠道出现问题，会影响大脑功能；而大脑功能不正常，也会影响肠道，这就是肠脑轴（Gut-brainaxis），是近年来非常热门的研究课题。
肠道的神经系统可以直接或者间接通过自主神经系统（交感神经及副交感神经）、内分泌细胞、免疫细胞、肠道菌群的代谢产物、细胞激素等来和大脑沟通，大脑也会给予相对应的回馈。肠道与大脑之间的联系虽然错综复杂，但却能和谐运作，影响着人们的饮食和代谢、肠道的屏蔽功能（gutbarrierfunction）、炎症反应、压力调节、内分泌系统的平衡、心理情绪、行为表现、大脑的思考、认知、感觉、记忆等。
牵一发动全身，若以肠脑轴的角度来看肠与脑之间的紧密相关性，还是非常有道理的！