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咱们同胞中，慢性疼痛的发生率，约为36%，而且，会随着年龄的增加而上升，45岁至65岁的人群中，大约42%，会发生慢性疼痛。慢性疼痛，会带来诸多的健康隐患，比如，20%到50%的慢性疼痛患者，同时具有抑郁症状，25%存在睡眠障碍。慢性疼痛的发病机制异常复杂，目前，学说众多，存在争议。随着研究的深入，科学家们发现，肠道菌群的变化，在慢性疼痛的形成中，扮演着至关重要的角色。
咱们人类的肠道中，存在着大量的微生物，共同构成肠道菌群，其中包含的基因总数，是人体自身基因组的倍。肠道菌群与中枢系统之间，保持着密切的联系，这种复杂的调控机制，被称为肠道与大脑轴。肠—脑轴，影响着大脑的发育和功能，而大脑也可以通过信号通路，影响肠道菌群的结构。
慢性疼痛，在生物学与医学视野中，被认为是1种与组织损伤有关的感觉和体验，如果疼痛持续时间超过3个月，并且伴随严重的情绪困扰以及功能性残疾，疼痛无法用其他原因解释，就可以诊断为慢性疼痛。慢性疼痛，包括外周神经系统和中枢神经系统损伤引起的神经病理性疼痛、内脏病变或功能紊乱导致的内脏疼痛、外周组织损伤或炎症引起的炎症性疼痛，此外，还有病理机制不明确的疼痛，比如，纤维肌痛。肠道菌群，会通过肠—脑轴，整合免疫、神经、激素信号，影响疼痛的产生及变化。而且，也会产生止痛药物的耐受性。
肠道菌群，可以直接导致神经病理性疼痛的产生，并且，还会导致相关并发症。比如，糖尿病患者，会发生神经病变，其中的75%，可能引起肢体远端的多发性对称神经病变，引起刺痛、烧灼感。研究发现，这种现象与肠道菌群介导的自身免疫反应相关。背后的机理，可能是糖尿病及营养不良，引起肠道菌群紊乱，产生炎症反应。
肠道菌群，在内脏疼痛中扮演的角色更为显著。比如，研究证实，肠道菌群与肠道易激综合征、炎症性肠病、功能性腹痛等疾病相关，因为，肠道菌群，不仅参与维持胃肠道神经和免疫系统的调节，而且，还会影响胃肠道敏感性，以及疼痛刺激信号的反应。动物试验结果表明，肠道菌群参与疼痛处理相关的大脑区域的发育调节，诱导肠道菌群的变化，能够缓解内脏疼痛，减轻内脏的超敏反应。这些研究结论，带来了粪便菌群移植等新型治疗方法的兴起。而且，还可以指导饮食干预，比如，通过摄入嗜酸性乳杆菌，减轻功能性腹痛症状，应用鼠李糖杆菌，治疗儿童功能性胃肠道疾病。
肠道菌群，还可以引起炎症性疼痛，降低疼痛阈值，增加疼痛反应。比如，研究发现，普氏菌是造成类风湿性关节炎的重要原因，链球菌与骨关节炎疼痛相关。肠道菌群紊乱，可以引起炎症介质的释放增加，促进炎症性疼痛。近年来，许多研究表明，部分难以确定病因的慢性疼痛，可能与神经递质的分解代谢相关，比如，肠道菌群的多样性降低，会引起神经递质水平的变化，导致纤维肌痛。
肠道菌群与慢性疼痛的关系，受到科学家们的高度重视，相关的研究成果越来越多，而且，也被应用到慢性疼痛的治疗当中。比如，益生菌，能够改变肠道菌群，并且增强免疫能力，减轻慢性疼痛症状。研究表明，鼠李糖杆菌，可以调节与疼痛相关的神经递质及生物胺的水平，从而减轻内脏疼痛。益生菌，还能调控炎症反应，影响炎症因子的水平，能够减轻类风湿关节炎患者的疼痛。此外，粪便移植已经被广泛应用于疾病治疗，通过增加有益菌的数量，促进肠道菌群的动态平衡，可以获得缓解慢性疼痛的效果。
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