慢性肠炎可以遵照医生的指导，通过口服止痉镇痛药物以及止泻的药物治疗，也可以通过使用调理肠道菌群失调的药物治疗。
1、止痉镇痛药物：慢性肠炎在发病期间很可能会导致腹部产生隐隐疼痛的症状，可能还会伴随着恶心和呕吐感，可以到医疗机构通过做血常规检查以及粪便检查，遵照医生的指导，通过口服止痉镇痛的药物进行治疗，比如口服阿托品等药物。
2、止泻的药物治疗：慢性的肠炎在发病期间很可能会导致大便的次数明显的增多，可能还会导致水样状大便，应该尽快到专业的医疗机构，通过做大便常规进行化验，可以在医生的指导下通过口服止泻的药物进行治疗，比如口服蒙脱石散。
3、调理肠道菌群失调的药物：慢性的肠炎也有可能是肠道功能失调或者肠道菌群紊乱的因素所引起，可能就会影响到肠道的健康状况，可以遵照医生的指导，通过口服调理肠道菌群失调的药物进行治疗，比如口服双歧四联杆菌以及地衣芽孢杆菌活菌治疗，就能够及时的达到调理肠道菌群的效果。